2018年4月11日，蔡英文辦公室舉行記者會，宣布由高雄市長陳菊接任秘書長，兩位副秘書長分別為劉建忻、姚人多。不過蔡辦人士表示，陳菊將等到蔡英文21日從非洲返臺后才會正式上任。此外，高雄市也通過line群組發布新聞稿，陳菊將接任蔡辦秘書長職務。高雄市表示，經過蔡英文的多次征詢，陳菊幾經考慮并與市團隊充分討論后續市政推展的步調后，“戰士沒有選擇戰場的”，決定承擔蔡辦秘書長一職，協助蔡英文綜理政務，推動工作。

　　但高雄市議會及親民黨議員認為陳菊任期尚未屆滿就要離開市，應該給個說明。高雄市議員黃柏霖、黃紹庭表示，希望陳菊能向議會說明任期未滿就要轉換跑道的理由。黃柏霖希望未來的代理市長也能向議會說明施政方向。親民黨市議員吳益政表示，議會將進行市政總質詢，屆時議員質詢的對象恐怕已不是陳菊，希望陳菊能向議會說明無法做滿任期的原因，也算是道別。

　　網友對陳菊接任蔡辦秘書長一事反彈也是極大。有網友表示，“債借滿了，錢撈夠了，高雄市搞死了，腦滿腸肥的睡菊，老拍拍，發財，轉移陣地，繼續搞下一攤�！薄癉善良，比悪鬼!”也有網友，“蔡辦有了兩個月亮”“吃完高雄吃臺北?”“陳菊:感謝高雄傻民讓我撈到口袋滿滿~明年由其賣兄繼續撈”“吃到飽安全下莊”“二千多億(新臺幣)的負債，‘六都’治安最差，人口外移，北上就業，氣爆、淹水、登革熱……，花媽將北上蔡辦，幫助‘空心詐騙菜’高雄經驗，干得好�！�

　　然而，陳菊接任蔡辦秘書長到底有何意味?《中國時報》發表評論文章指出，陳菊接任蔡辦秘書長是正式宣告“蔡賴菊”三巨頭共治時代來臨，未來無論黨務還是政務都不再是蔡英文說了算，臺施政必須考慮地方感受，而陳菊也將在蔡英文與賴清德之間居中協調，防止賴暴沖，必要時出手化解內對蔡英文的不滿。

　　學者賴岳謙在“論道臺北”節目中也表示，陳菊接任蔡辦秘書長能夠化解蔡英文與“”之間的分歧。他說，沒有當家且失掉權位的那些“急獨”比如、陳之流，“至少要告訴他們‘急獨’是不可能的”，而這個工作就要陳菊來做。

　　蔡英文就任地區領導人近兩年來，與“”關系始終緊張，除兩岸政策與施政方面的爭議外，還有三題:“閣揆”人選、扁、臺北市長的攻略。后兩者仍懸而未定，第一項則已通過由賴清德出任“閣揆”取得階段性的合作而暫告化解。賴在內派系的合作下接掌“閣揆”，表面上看是與蔡形成執政成敗的生命共同體，實際上，彼此角色競合、進退較勁的關系從未排除，甚至越來越緊繃。陳菊成為蔡英文絕處逢生的希望，試圖以其在內資望和人脈、人和緩解賴清德與“”的攻勢，進而整合凝聚內派系的支持。

　　賴岳謙認為，陳菊的第二個工作就是確保蔡英文能夠連任。內“特別是老男生，一直不滿意被女生領導，因為他們是大男生沙文主義”，陳菊的到來讓蔡英文不再孤單，她可以把“新潮流”的力量帶進來�！吨袊鴷r報》評論文章表示，為了爭取2020年連任，蔡英文請出陳菊這張王牌，第一戰就是即將到來的年底地方選舉。陳菊日前提醒臺北市長提名應尊重地方基層的聲音，若再支持柯文哲恐引起強烈反彈，蔡英文則在勝選戰略下，主張支持柯文哲。三人共治，是齊心還是制造出更大的嫌隙?很快就能見分曉。

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